Научные сотрудники этого университета проводят комплексные исследования озёр дельты р. Печоры с целью оценки современного состояния водоемов и реконструкций климатических и экологических условий прошлого. За время исследований определены более 100 видов беспозвоночных животных, в том числе ранее не зарегистрированный в нашем регионе редкий вид с узким ареалом обитания P. protzi. Сделана реконструкция палеоэкологических условий нашего региона на основе анализа субфоссильных кладоцер.

Специалисы ЦМИ ведут фоновый экологический мониторинг морских экосистем заповедника, кластер "Арктические острова". В ходе исследований проводится весенняя авиасъёмка восточных районов Печорского моря, отбираются пробы морской воды и грунта, анализируется состояние кормовой базы моржа.

В настоящий момент исследования проводятся совместно со специалистами лаборатории динамики растительного покрова Арктики БИН РАН. В ходе работ делаются повторные описания растительности на площадках, заложенных 15-18 лет назад на разных участках заповедника. Это дает возможность анализировать изменения растительного покрова вследствие современных климатических изменений.

За время существования заповедника были проведены работы по многим направлениям, охватывающим разнообразные аспекты функционирования тундровых экосистем, от исследования фауны и экологии беспозвоночных до особенностей процессов, происходящих в растительных сообществах.

Комплексные исследования речных биоценозов и сырьевой базы пресноводных видов рыб ведутся уже более 20 лет на разных участках Коровинской губы. Здесь расположены 5 мониторинговых гидробиологических станций, где проводятся неводные и сетные обловы, берутся пробы бентоса и зоопланктона. Исследования позволяют оценивать состояние ихтиофауны в условиях, ограниченных от воздействия человека.

Совместные работы в области изучения поведенческой экологии и динамики популяций арктических и субарктических птиц, в частности малого лебедя.
Реализация долгосрочного Международного комплексного проекта по изучению особенностей гнездования и линьки малого лебедя, работы по кольцеванию ножными и шейными кольцами.

Ведутся совместные работы по инвентаризации разнообразных групп животных.

При поддержке WWF в заповеднике реализованы значительные проекты по организации, монтажу и заброске модульных постов охраны на отдаленные заповедные участки, по оснащению снегоходной и специальной техникой службы охраны в межсезонье, ведется деятельность по визуальному представлению заповедника в публичных местах и по обустройству экологической тропы, партнерские отношения в рамках организации и проведения семейно-познавательного праздника «День моржа».

Совместное проведение мероприятий в рамках природоохранных акций, таких как «Марш парков», «Ночь музеев», «Час земли»... Взаимовыручка при проведении просветительских встреч, в награждении участников конкурсов, проведении семинаров-тренингов, всесторонняя поддержка в рамках проведения познавательных праздников и юбилейных торжеств...

Совместная организация массовых просветительских мероприятий – «День моржа», «День снега».

Пропаганда экологичного образа жизни, выполнение программы по сортировке вторсырья.

Обмен информацией по выполнению и проведению природоохранной акции «Марш парков»

Партнерские отношения на основе соглашения о сотрудничестве в области развития внутреннего и международного туризма на территории заповедника «Ненецкий», разработки туров и привлечения внимания туристов к проблемам сохранения окружающей среды.